Следует понимать, что клиент может сразу отправить текст в верстку (особенно если работа идёт в авральном режиме). Верстальщик вообще не вдумывается в слова— это не его задача. А шансы на то, что перед публикацией текст увидит редактор и вовсе мизерны.
Проще говоря, комментарии в тексте — зло. Их следует избегать, предоставляя заказчику финальную версию материала. Если уж вам кажется абсолютно необходимым снабдить текст каким-либо комментарием, то следует выделить его наиболее ярким маркером, а в сопроводительном письме указать что в тексте есть комментарии. Но и в этом случае нет никаких гарантий — так и напечатают. Сразу предупреждаем, комментарии в Word не спасают — просто на бумаге остаются сноски. И уж точно ни в коем случае не стоит оставлять комментарий в скобках.